使用秸秆发酵栽培基质可以调节营养液的生理酸碱性，在分解过程中，产生的糖份、氨基酸等小分子有机物，可以被蔬菜根系吸收，改善蔬菜的品质；秸秆基质在使用后，可作为有机肥料施入农田，不产生环境污染。
1、秸秆堆腐前的准备：作物秸秆可选用小麦秸、玉米秸等作物秸秆，秸秆量应大于栽培槽体积的2倍；采用秸秆复合微生物制剂堆腐发酵秸秆；牛粪4 立方米，在秸秆堆腐前一周，与秸秆腐熟菌掺混，使秸秆腐熟菌在牛粪中扩繁；尿素的用量约为秸秆量的0．5％，40 立方米秸秆需25千克的尿素。
2、秸秆堆腐的方法：秸秆堆的底宽2米，高度1．8～2．0米，长度不限。每铺20厘米秸秆，撒一层掺有秸秆腐熟菌的牛粪和适量的尿素，若秸秆浸润的水不足，再喷洒适量的水，以用手紧握秸秆，指缝间有水被挤出为度。
3、此法将秸秆一直堆到1．8～2．0米的高度，建堆完成。然后覆盖塑料膜，减少堆内水分蒸发。2～3天后，堆内温度可达70°c以上；15天左右进行翻堆，将边沿部位的秸秆翻入堆中间，使秸秆与牛粪进一步混匀，若秸秆干燥，可适量补充水分；翻堆后，再堆腐15天左右，秸秆半腐熟，已没有了韧性，手握既断，c／n比在30～40之间，即可作为无土栽培的基质使用。
4、栽培槽采用地挖沟槽铺塑料膜的方式。栽培槽的形状为三角形，上口20厘米，深度25厘米，沟底要平，避免局部积水；在栽培槽内，铺0．1毫米的塑料膜；在塑料膜上填充发酵秸秆做基质，用脚踏实。
5、地挖沟槽可以使栽培基质的温度较稳定，比地上或半地上永久性砖混结构的栽培槽，基质的昼夜温差要小得多，避免冬季夜间基质温度过低，对根系造成伤害。
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