土培条件下，淹水会使土壤通气性下降，根际氧含量降低，土壤氧化还原电位过低。土壤氧化还原电位太低，土壤有机质分解变慢养分供应能力会下降，嫌气分解产生大量有机酸会抑制根系呼吸作用。土壤长期的低氧化还原电位还会使Fe、Mn有效性增加造成根系毒害，硫化氢和丁酸积累也会抑制根系生长。根系长期生长受抑制，长期被毒物毒害，就会造成细胞坏死、凋亡，呈现出黑褐色的烂根症状，俗称淹水沤烂。

水培条件下，营养液的成分通常简单，没有过多复杂的土壤有机物，只有必须的大量、中微量矿质营养。而且水培是要换水的！水培通常三到五天就要换一次水，不然水会臭，会有藻类和其他微生物滋长。因此，正规的水培条件下来不及积累大量的硫化氢等有害物质，水有一定的氧溶解量，通过换水可以供应植物根系需要的氧气。

另外，土壤的成土母质成分并不单一，不同母质差别大，但淹水都会使土壤中的次生黏土矿物中Fe、Mn有效性升高甚至过量造成毒性增强，水培条件下的培养液不含镉、砷、铝等毒物，Fe、Mn、Cu、Zn等微凉元素的含量也控制在适宜水平远不会因为环境变化造成过量或毒害。