在无土栽培过程中，番茄整枝可以提高番茄的产量和品质，减少病虫害的危害。现介绍番茄的整枝技术如下：
1、单秆整枝：即只留主秆，及时摘除所有侧枝。这种整枝方式，单株结果数少，但果形大，且在单位面积上可以栽植较多植株，从而可增加早期产量和总产量。适用于早熟密植栽培、无限生长类型品种。
2、双秆整枝： 除主秆外，还选留第1花序直下第1叶腋抽出的侧枝，让选留的侧枝和主秆同时生长，摘除以后抽出的所有侧枝和二级侧枝。采用双秆整枝的单位面积种植的全面的村镇信息共享株数较少，虽可增加单株结果数，提高单秆产量，但总产量及单株产量均不及单秆整枝的，惟一可节省秧苗用量。这种方式适用于土壤较瘦、肥料不多、秧苗短缺、种植密度较稀等情况。
3、一秆半整枝（改良式单秆整枝）：除主秆外，再留第1花序直下第1叶腋抽生的侧枝，待侧枝上着生1～2个花穗后即行摘心，原主秆继续生长，摘除其余全部侧枝。这种整枝方式，比单秆整枝结果多，可提高早期产量，种植密度可适当减少。
整枝应在晴天进行，以利于伤口愈合。对于感病植株，特别是病毒病株，应分开整枝，避免将病株病原菌、病毒带到健株上，防止人为传播。
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