在整个鱼菜共生组合里，其实就是一个养细菌的几个方法，我们为它们创造条件，让它们没日没夜的为你工作，各就各位，各按其责的发展壮大，这才是鱼菜共生的关键核心。

在该系统里，必须养二类细菌，一类是发酵分解鱼粪有机物的细菌，另一类是硝化菌，硝化菌负责将分解后产生的产物即对鱼有毒对菜不会吸收的氨氮亚硝酸盐分解转化为无毒的菜肥：硝酸盐。

利用好二类细菌的功能是理论的基础，其中一类细菌负责把鱼粪残饵等有机物分解为无机盐，只要是活物吃进后都会有另一种表现产生另一种物质，这类细菌吃的是有机物鱼粪等等，拉出来（转化）的是一种叫氨氮，以固态或液态或气态，而氨氮在一定环境及浓度条件下，快速转化合成为亚硝酸盐，也是以液气固的三种状态在水体中积聚，而亚硝酸盐在达到一定浓度时对鱼虾的伤害非常大，所以世界上现在应用最广泛和有效消灭亚硝酸盐的就是硝化细菌，而且可以完全彻底的消失。

这种闭锁环工艺的鱼菜共生系统可用于大规模生产，效率高，很大程度上减少水资源的使用。国内外众多的研究都是基于闭环共生开展的。